Após a eliminação do Botafogo no Mundial de Clubes, Thiago Almada confirmou sua transferência para o Lyon, da França, no início de 2025. Almada chegou ao clube carioca no meio deste ano como a contratação mais cara da história do futebol brasileiro, em um investimento de 25 milhões de dólares feito por John Textor, proprietário da SAF botafoguense.
"A verdade é que esse grupo vai ficar para sempre em toda minha carreira. Encontrei com um grupo lindo. Quando vim ao Botafogo já tinha tudo acertado para ficar seis meses e ir ao Lyon. Creio que vai se cumprir. Agradeço a toda a torcida do Botafogo pelo carinho", disse.
Desde sua chegada, o contrato do jogador já previa a mudança para o Lyon, também pertencente ao mandatário, ao final da temporada. No único jogo do Fogão no torneio intercontinental, o meio-campista argentino começou no banco e não conseguiu evitar a derrota por 3 a 0 para o Pachuca.
Com a camisa alvinegra, Almada disputou 26 jogos, marcou três gols e deu duas assistências, ajudando o time a conquistar a Libertadores e o Campeonato Brasileiro.